ראשיתו של תל בית שאן בגבעה טבעית, אסטרטגית, שנבחרה להקמת יישוב. בעת העתיקה, בתקופות הברונזה הקדומה,{ לפני כ-3500 שנים] אנשים בחרו מקומות גבוהים כדי להקים את יישובם. דבר שהעניק להם תצפית כלפי העמק שלמטה, הגנה מפני התקפה של אויב ושליטה על האזור. לבחירת מקום היישוב, לבד מהיותו מקום גבוה, נדרשו תנאים נוספים, כמו מקור מים קרוב, אדמה פורייה, הטובה לגידולים חקלאיים ודרכי גישה ויציאה נוחות אל המקום.

בתל בית שאן וסביבתו מתקיימים תנאים אלה. נחל חרוד הזורם מצפון לתל גם שימש כמקור מים חיוני וחשוב וגם יצר גיא עמוק ומדרון תלול דבר שהעניק בטחון מפני התקפה אפשרית מכיוון צפון. בנוסף לנחל חרוד עבר בסמוך, נחל עמל הקדום [האסי, נחל הסחנה} מכיוון דרום מזרח ונשפך אל נחל חרוד ושניהם זרמו אל הירדן. גם האדמה שהקיפה את התל וכן קרקעות העמק, טובות לגידולי חיטה, גפן וזית. גידולים שהיו אופייניים לבית שאן וסביבותיה בעת העתיקה. ליד תל בית שאן עברו דרכים רבות. התל ניצב בסמיכות לחיבור בין עמק בית שאן ושורת עמקים המאפשרים גישה נוחה מכיוון מזרח אל פנים הארץ.

אם כן אלה תנאים שהיו חשובים במשך מאות שנים למתיישבים בעת העתיקה ובכל פעם שאנשים רצו להקים יישוב. לאחר שהתל נעזב בגלל קשיים או נהרס בעת מלחמה, הם חזרו אל התל ובנו ביתם על הריסות הישוב שקדם להם, לאחר פילוס השטח. כך הגבעה הטבעית הפכה לתל גבוה.

עמק בית שאן הוא אחד מחמשת העמקים{ עמק חרוד, עמק יזרעאל, עמק קישון ועמק זבולון} היוצרים פרצה ופתחת מעבר נוחה אל פנים הארץ. דרכים אלה היו חשובות לשיירות המסחר שבאו מהגלעד שבמזרח ומדמשק ומסופוט מיה, שבצפון הרחוק. שיירות אלה הלכו אל נמל עכו, ומשם הפליגו אל יוון ואל ארצות הים האיגאי. או ירדו בדרך הים, אל מצריים.

חפירות ארכיאולוגיות רחבות היקף נערכו בתל כבר בראשית שנות העשרים ונמשכו למעלה מעשר שנים. משלחת ארכיאולוגים מטעם אוניברסיטת פנסילבניה, שבארצות הברית, הגיעה לחפור בתל בית שאן. החפירות החלו בשנת 1921 ונמשכו לסירוגין עד שנת 1933. בחפירות אלה נתגלו כ- 18 שכבות של יישוב מהעת העתיקה, מתקופת הברונזה הקדומה כ- 3500 שנים לפני הספירה ועד לתקופה הצלבנית. חוקרים אלה ביקשו להגיע אל השכבה מתקופת המקרא, מעל שכבת המקרא היו שכבות רבות כמו השכבה ההלניסטית{ בתקופה ההלניסטית ניתן לה השם סקיתופוליס} והשכבה הרומית ומעליה השכבה הביזנטית ומעליה השכבה הערבית{בתקופה הערבית שמה היה בייסאן} הקדומה ומעליה השכבה הצלבנית, כלומר לפחות חמש שכבות יישוב חשובות למחקר הארכיאולוגי. החוקרים האמריקאים הסירו את כל השכבות העליונות שהיו מעל השכבה המקראית.בחפירות אלה נתגלה שער כניסה לתל, מכיוון מערב, השייך לתקופה הצלבנית, כן נתגלתה כנסייה גדולה מהתקופה הביזנטית ומקדש רומי גדול שרידים ממנו ניתן לראות פזורים בתל, כמו כותרת קורינתית גדולה וחוליות אבן גיר גדולות, שהיו חלק מעמודי המקדש.

כאמור החוקרים האמריקאיים שמו דגש על ממצאים מתקופת המקרא היינו תקופת הברונזה המאוחרת כ-2000 שנה לפני הספירה, ותקופת הברזל שזה בערך בין 1500 ל - 1000 שנים לפני הספירה. תקופה זו מזוהה עם ימי הממלכה החדשה של מצריים, בתקופה זאת בית שאן שימשה מרכז שלטון מצרי בצפון ארץ ישראל. מהמאה ה-16 ועד למאה ה-12 לפני הספירה. מתקופה זאת נתגלו מקדשים, בנייני ממשל רובעי מגורים, של חיל המצב ופקידי הממשל. התגליות המפורסמות של חפירות אלה מצויות כיום במוזיאון רוקפלר בירושלים. כמו אסטלה{מצבת ניצחון} עשויה אבן בזלת בגובה של שני מטר המספרת על ניצחונו של המלך סתי הראשון, שהביס את האויבים שניסו לתקוף את העיר. כמו כן נתגלה פסל גדול של רעמסס השלישי, וכן חלק ממשקוף של כניסה העשוי אבן גיר, ועוד נתגלה פסל המתאר מאבק בין כלב ואריה מעיין דרמה בשתי תמונות.
כאמור ממצאים אלה ונוספים להם מצווים בירושלים ומצפים למבקרים. בשנים האחרונות נעשה שיחזור של בית המושל המצרי וביחד שוחזרו גם חלק מהממצאים. ניתן לעלות לתל ולראותם.

תל בית שאן מוזכר בספר שמואל ב' פרק א' בשעה שפלישתים מוקיעים את גופת שאול בחומת העיר. הכוונה לחומה שהייתה על תל בית שאן ולא לחומה הביזנטית שהיא חומה מאוחרת. כיום על התל ניתן לראות תמונות המספרות את הקרב של שאול המלך בגלבוע ואת תוצאותיו הטראגיות. ההתיישבות המשמעותית על התל נמשכה עד הכיבוש הרומי של ארץ ישראל ובכלל זה בית שאן וסביבותיה. עם הכיבוש הרומי החלה בניית העיר בית שאן בעמק שלמטה, עיר בסגנון רומי הכוללת מבני ציבור, מקדשים, בתי מרחץ תיאטרון, רחובות ובתי מגורים.

{מחקר מפורט ומקיף, פרי עבודה של שנים על בית שאן, מאת הארכיאולוג פרופסור עמיחי מזר על תל בית שאן ניתן למצוא "בקדמוניות" 107- 108 תשנ"ה 1994 }